Третье обретение главы Иоанна Предтечи произошло около 850 года.
После народных волнений в Константинополе, связанных с низложением Иоанна Златоуста, святыню перенесли в Емесу. Затем, во время набегов сарацин, около 810–820 гг., главу перенесли в Команы, где в эпоху иконоборчества её скрыли в земле.
Когда почитание икон восстановили, патриарху Игнатию (847–857) во время ночной молитвы было открыто место сокрытия святыни. Он сообщил об этом императору, который отправил посольство в Команы. Там глава святого Иоанна была обретена в третий раз — именно в месте, указанном патриархом.
Позднее святыню вновь перенесли в Константинополь и 7 июня (25 мая по ст. стилю) установили в придворной церкви. Часть честной главы ныне пребывает на Афоне.