В XI веке греческая империя переживала разорение от турок, грабивших Малую Азию и осквернявших храмы. Под угрозой оказались и мощи святителя Николая в Мирах Ликийских. Храм был в запустении, охраняли его лишь немногие монахи. По словам святителя Димитрия Ростовского, Бог допустил разорение места, но не позволил, чтобы святыня была забыта.
В 1087 году святитель Николай явился священнику города Бари и повелел перенести его мощи. Баряне тайно вывезли святыню и 9/22 мая доставили её в Бари, где духовенство и народ встретили её с великой честью. Мощи положили в храме Иоанна Предтечи.
Событие произошло в день памяти отцов Первого Вселенского Собора, на котором святитель Николай боролся против ереси Ария. Тогда же были явлены многочисленные чудеса: 47 исцелений в первую ночь, затем ещё десятки — исцеления продолжаются и ныне.
В том же 1087 году началось строительство нового храма в честь святителя Николая. В 1089 году завершили крипту, куда мощи перенёс папа Урбан II.
Службу в честь перенесения мощей (9/22 мая) составили в 1097 году инок Григорий Печерский и митрополит Ефрем.
